从理论层面讲，党对农村工作的领导，党在农村改革和发展的目标的实现，必须更多地依靠村党组织作为直接的组织渠道。村党组织必须发挥核心领导功能。而村民自治也是要在村党组织的领导下，实现党在农村改革和发展的目标。所以完全可以说，党的领导权和村民自治权是一致的，农村“两委”的工作方向也是一致的。但是，在具体操作层面，行使政治领导权的村党组织和行使村民自治权的村委会之间的矛盾却经常发生。有的村党支部往往把党对村民自治的政治领导理解为党组织包揽一切，变领导权为管理权，村党组织领导者的个人权力也无限制地强化，演化为村党组织书记对村委会权力的实际控制，不适当地干预村民自治。另一方面，在村民自治制度实施以后，党的领导确实也存在着被虚化、被排斥和被否定的现象。因此，正确处理好党的领导和农村村民自治的关系是党支部建设中必须解决的问题。农村“两委”关系顺了，工作协调了，就能形成合力，带领农民群众把建设社会主义新农村的伟大事业推向前进。
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