唐朝、宋朝、元朝、明朝、清朝。
中国最早的官办书院开始于唐朝，为开元六年（718年）唐玄宗所创设的丽正脩书院。宋代书院的兴起是始于范仲淹执掌南都府学，特别是庆历新政之后，在北宋盛极一时。这时候出现了四大书院的说法。到了南宋更盛，各延大儒主持，成为理学书院。
元朝时书院制度更为兴盛，专讲程朱之学，并供祀两宋理学家。明朝初年书院转衰，直到王阳明出，书院再度兴盛。随后书院因批评时政，遭当道之忌，明世宗、张居正皆曾毁书院，尤其是东林书院事件，魏忠贤尽毁天下书院，书院没落。
清朝入主，继续抑制书院。 雍正十一年（1733年），正式明令各省建书院，改采鼓励态度，书院渐兴；惟不分官立私立，皆受政府监督，不复宋元时的讲学自由。
直到庚子后新政，庚子诏令将全国书院改制为新式学堂，书院制度瓦解。
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