生鸡粪粪中含有大肠杆菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播。其中鸡粪中种蝇成虫产卵有趋向未腐熟粪便的习性，施用未腐熟鸡粪越多，种蝇幼虫为害越重。造成作物烂根、黑根、黄叶、早衰、黄化，严重时导致植株死亡。这种危害短时间内看不出来，只有连续种植几年以上才会发生，所以这种危害极具隐蔽性。
用EM微生物环境改良剂（农业种植专用型）5升（发酵1吨生鸡粪用量）兑水稀释300公斤，用150公斤稀释液细致喷洒，充分搅拌均匀，然后封闭发酵（厌氧处理），鸡粪内含抗生素，需10天，再用剩余的150公斤稀释液细致喷洒，充分搅拌均匀，这次不需要封闭（有氧发酵），但需勤搅拌3-4次（有氧处理），充分腐熟即成有机生物肥料。
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