（1）砧穗间亲和性的好坏 这是砧木和接穗嫁接后成活率高低的关键。一般用作西瓜砧木的，按亲和性好坏依次为野生西瓜、葫芦和南瓜。
（2）砧木的抗病性 除考虑抗枯萎病外，最好还能兼抗其他病害或抗逆性，比如耐低温、耐旱耐湿等。一般南瓜砧抗瓜类枯萎病的能力最强、耐低温、耐寒。葫芦砧抗瓜类枯萎病的能力、耐低温、耐旱性均次于南瓜，但相对耐湿。不同砧木的低温伸长性由强到弱依次为南瓜、葫芦、黄瓜和冬瓜。
（3）砧木对接穗品种果实品质的影响 据有关试验表明，以南瓜为砧木的西瓜果实，果皮增厚，果肉变硬，果实的风味品质较差；以冬瓜为砧木的西瓜果实，果肉变软，含糖量下降，果实的风味品质也较差。只有以葫芦为砧木的西瓜果实，在各项品质指标上与西瓜自根苗相比无明显差异，能保持品种的原有风味特点。
西瓜忌连作，可通过嫁接栽培来克服连作障碍。目前，西瓜嫁接砧木主要有南瓜、葫芦等。对如何选择砧木，很多瓜农意见不一致。
葫芦砧，或者黑籽南瓜
西瓜嫁接砧木和接穗的品种选择，及种子需要注意的事项
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