二个内设省级研究机构：云南省肝脏移植研究中心和云南省临床疾病分子生物学重点实验室（在省卫生厅中期评估考核中均达到优秀）。二个内设市级研究机构：昆明器官移植研究中心和昆明市临床疾病分子生物学重点实验室。四个市级重点学科：肝胆外科、检验科、神经外科、ICU科。六个医疗技术中心：昆明血液净化中心、昆明医院检验中心、昆明体检中心、昆明心力衰竭诊治中心、昆明脑血管病治疗中心、昆明乳腺病诊疗技术中心。一个市级中医“中风病”专病建设。 三个院级重点学科：骨科、心内科、妇产科。
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