福建省医疗保险管理中心主要负责参与全省及省级医疗保险政策、法规、标准、规范拟定并组织实施;负责省、部属驻榕单位及其职工基本医疗保险基金、工伤保险基金、公务员医疗补助费、生育医疗费用统筹及商业补充医疗保险费的征收、支付、稽核、管理和服务工作;负责全省联网及省级定点医疗机构、定点零售药店资格确认等工作。