生成pdb的话总结下比较方便简单的有三种：1.Chemoffice，2.Gaussview，3.Materials Studio。生成的pdb文件gromacs都是可以识别的，但是个别的文件需要简单的处理一下，例如Materials Studio生成的文件中会多出几行乱七八糟的东西，你直接删掉就可以了，只保留原子的那些~
没太明白你所说的“键的连接和以前大不相同”，指的是键级变了吗？还是咋的？如果是键级变的话倒是没什么的，因为不同的软件中对于键的距离并不是按照统一的标准认的，稍微就行优化就可以了，或者说这合理的范围就行了~
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