1、井筒内流体不同，裸眼井测井时井内流体是各类钻井液，套管井一般是清水。
2、测井目的不同，裸眼测井一般是为了了解地层含油气水特性，而套管井测井目的一般有套管检测、产液剖面监测、射孔检查、验串等。
3、测量项目不同，裸眼测井可以使用电、声、放、核磁等各类仪器，而套管井由于有套管，因此一般的电法测井无法使用，目前只能用过套管电阻率测井。
4、测井仪器不同，套管井一般使用小直径测井仪器，便于在环空操作，而裸眼井可以根据钻井井眼尺寸选用较大尺寸的仪器。
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