中科院的待遇相对于高校还是高一些，虽然现在各大高校纷纷提高了博士生待遇，缩短了其中的差距，但总体待遇中科院还是稍微好一些，当然有的老板比较大方，这个另论。当然一些研究所食堂价格是高校的两三倍，这些情况也是要考虑的。
我觉得待遇也不是特别重要，无论选择中科院还是大学，生活完全没有问题，剩下补贴家用有点困难，自己顾自己完全没有问题。现在也没必要在乎这些小钱，其实最重要的是好的导师或者说适合自己的导师，当然导师名气越大越好，如果是院士级别的人物，那就太好了，不过也得考虑下导师的为人，能不能正常毕业？导师的人品如何等等，这些不用我多说吧。
就一些专业领域来说，中科院的平台优势特别明显，比如很多研究所都有两个或两个以上国家重点实验室，有的还有国家实验室等等。但不知道您是什么专业，我想您对您的专业应该比较了解吧，你们专业里最好的实验室在哪？是在中科院某个研究所，还是在某个高校？选择最好的实验室平台也是很重要的。
另外选择地理位置好的地方。
总结一下：首先考虑导师，然后考虑实验室平台，最后考虑待遇和地理位置等等。
具体怎么选择，没有唯一答案，适合自己的才是最好的。
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