会计处理按照会计口径，纳税时按照加计扣除口径调整。
如果不影响企业管理需要，能够在现在账套按高新技术企业要求进行研发费用的核算，是最好不过的事情，一是避免重复做账（不需要单独建立研发费用辅助账）；二是可以避免账务处理差异带来的查证等不必要的麻烦。然，这种状态，一般企业都很难做到，毕竟高新技术企业研发费用及加计扣除相关税收管理规定，和企业会计核算方法、目的，并不一致。
所以，企业研发费用在账务处理过程中，一般还是遵循会计账务处理原则，同时，按照高新技术企业所得税优惠备案、研发费用加计扣除等相关规定要求，以会计核算账套、账务资料为依据，建立辅助核算账套。
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