Tm较低,而且熔解温度范围较宽;离子强度较高时,Tm较高,熔解温度范围较窄。
DNA溶液中离子强度低时,Tm较低,而且熔解温度范围较宽;离子强度较高时,Tm较高,熔解温度范围较窄。因此,在表示某一来源DNA的Tm值时,必须指出其测定条件。
在一定条件下Tm高低由DNA分子中的G-C含量所决定。G-C含量高时,Tm值比较高,反之则低。这是因为G-C之间的氢键较A-T多,解链时需要较多的能量之故。Tm值和G-C的含量可用二一个经验公式表示:(G—C)%=(Tm-69.3)×2.44。
扩展资料:
引物使用的相关要求:
1、PCR扩增产物长度: 引物的产物大小不要太大,在80-250bp之间都可;80~150 bp最为合适(可以延长至300 bp)。
2、引物3′端错配时,不同碱基引发效率存在着很大的差异,当末位的碱基为A时,即使在错配的情况下,也能有引发链的合成,而当末位链为T时,错配的引发效率大大降低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所以3′端最好选择T。
3、引物序列在模板内应当没有相似性较高,尤其是3’端相似性较高的序列,否则容易导致错误引发。降低引物与模板相似性的一种方法是,引物中四种碱基的分布最好是随机的,不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。
参考资料来源:百度百科-Tm值
Tm值的定义,是两段互补的碱基序列解链50%时的温度。一般的常识是,在设定PCR的program时,Tm值有非常重要的参考意义。
我们设计引物时,经常要在引物5’端加上酶切位点,保护碱基,Kozak等一大串非结合序列。
一般将公司给出的两段引物较低的一个Tm-8℃开始,2℃一个梯度向上递增,到两段引物中较高的一个Tm+2℃左右做梯度PCR,一般做5~6个梯度就可以了,不知我的这个经验大家同意不同意。