自然界的氨基酸可分为三大类：
1.基本氨基酸:组成蛋白质的20种氨基酸，翻译的时候用的。
2.稀有氨基酸：某些蛋白质中含有一些不常见的氨基酸，它们是基本氨基酸在蛋白质合成以后经羟化、羧化、甲基化等修饰衍生而来的。如4-羟脯氨酸、5-羟赖氨酸、锁链素等。
3.非蛋白质氨基酸：自然界中还有150多种不参与构成蛋白质的氨基酸。有些是重要的代谢物前体或中间产物，如瓜氨酸和鸟氨酸是合成精氨酸的中间产物。
另外，从营养上分，基本氨基酸可分为必需和非必需，非必须氨基酸可以自己合成，也可以从食物中摄取，同样也用来合成自身蛋白。
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