如果公安部门以非法经营罪定性，应当立案侦查，侦查终结移送检察院审查起诉，最后法院审判，在追究刑事责任并且判罚金。在这种情况下，交通还能以非法营运处了。如果只是公安局认定非法经营罪，检察院没有审查起诉，法院也没有判刑，交通管理部门还可以处罚。
