由于自耕农拥有属于自己的小块土地，不受地主租的剥削，仅负担政府赋税和徭役。农田单位面积产量越高，他们经济上收益就越多。因此，他们在生产上有较高积极性，对改良土壤、兴修水利、采用良种、深耕细作、增加施肥量，或开展多种经营者有浓厚兴趣。同时，除负担国家徭役外（后期可以以银代役，不再存在这问题），劳动时间亦可以按家庭这个经济单位需要而灵活安排，有利于农副结合。但自耕农又是一个小生产者，经济地位极不稳定，稍遇天灾人祸，即有破产可能。因此，他们往往成为高利贷者勒索的对象，致使他们卖田卖地，甚至卖妻鬻子，而沦落为佃农。也有的在封建王朝苛捐杂税和繁重徭役负担下，为了逃避政府压榨，而纷纷把土地投献地主，重新成为地主的佃户。此外，地主为逃避赋役负担，往往通过诡寄、飞洒等手段，把赋税转嫁给自己耕农，自耕农由于承担不了沉重赋税，被迫弃地逃亡。自耕农经济状况的不稳定性，决定了他们极容易向贫富两极分化，尤其容易向佃农这极转化。
由于中国封建社会长期保持了大量的自耕农，对社会经济的发展，对社会秩序的长期安定，对文化科学技术的发展具有十分重要的意义。尤其到明嘉靖万历以后，有一部分经济条件较好的自耕农，开始雇工经营，发展商业性农业。鉴于他们没有封建特权，与雇工关系一开始就处于同劳动、同食共坐、彼此尔我相称平等地位。因此，农业资本主义萌芽能较早、较易地从这里发生发展起来
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