楼主把你的2000系统的安装文件和系统文件删除就行了。
至于启动的时候有两个系统启动菜单也好办，在我的电脑上右键--属性--高级--点击"启动和故障恢复"的设置，然后点击编辑，这时会出现一个记事本文件，里面的内容大致如下：
[boot
loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating
systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft
Windows
XP
Professional"
/fastdetect
你的应该还有个"Microsoft
Windows
2000
Professional"这样的内容，然后你把这个多余的那个连同引号一并删除，保存退出就行了。
在一个系统中直接删除另外一个系统的文件夹就可以，但是事后你需要修改系统启动的配置文件。
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