荧光标记用荧光物质与被检测物结合，在紫外光照射下发光。同位素标记，用同位素原子如16O，18O，12C，14C与被检测物结合，用原子分析方法检测原子变化。荧光标记可用于观察细胞分裂。同位素标记用来验证化学反应中的机理，如：光合作用中氧气是由水还是CO2分解而来。酯化反应中是醇脱-OH还是酸脱-OH。
同位素标记法通常采用放射性同位素标记物质中的分子原子，荧光标记法通常是借助荧光分子来标记蛋白质。一个是元素标记，另一个是分子标记。
