两个を语法上并没有问题。出现两个を时通常前一个を是动词小句中的宾格助词，而后一个を才是整个句子的宾格助词。
スープを[スプーンや莲华を使って]食べる，这个句子的主干是スープを食べる；而スプーンや莲华を使って是用来补充说明的动词小句，を是这个小句的宾格助词。这个小句也可以用で来替换，即スープをスプーンや莲华で食べる。
首先，原话是这个：スープ（汤）をスプーン（勺子）やれんげ（调羹）を使って食べるが。句意是：用勺子或调羹喝汤。
前面的を是スープを食べる的を，后面的を是スプーンやれんげを使って的を，不矛盾啊。你要是自己写日文的时候不想用两个を的话可以换成表手段的で，也就是スプーン（勺子）やれんげ（调羹）でスープ（汤）を食べる。
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