调换土地的协议上所签订的人并不是要调换土地的本人这个协议在法律上有效吗？

《农村土地承包法》
第三十二条　通过家庭承包取得的土地承包经营权可以依法采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转。
第三十七条　土地承包经营权采取转包、出租、互换、转让或者其他方式流转，当事人双方应当签订书面合同。采取转让方式流转的，应当经发包方同意；采取转包、出租、互换或者其他方式流转的，应当报发包方备案。
　　土地承包经营权流转合同一般包括以下条款：
　　（一）双方当事人的姓名、住所；
　　（二）流转土地的名称、坐落、面积、质量等级；
　　（三）流转的期限和起止日期；
　　（四）流转土地的用途；
　　（五）双方当事人的权利和义务；
　　（六）流转价款及支付方式；
　　（七）违约责任。
第三十八条　土地承包经营权采取互换、转让方式流转，当事人要求登记的，应当向县级以上地方人民政府申请登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
从你提供的情况来看，双方签订合同时，意思表示真实，并且符合法律规定的形式，故合同是成立有效的。虽然当初是他儿子签字的，属于无权代理，但是他父亲本人在场，已经默认同意了，所以，他儿子的签字可以看作是对他儿子行为的追认。当然，你可以在平时和他父亲谈话中不妨用录音的方式进行取证，要他父亲承认当初他在场，并且承认上述事实，避免以后打起官司来他父亲否认。
稍微有点儿瑕疵的是，互换土地应当报发包方（村委会）备案。如果当初在县政府土地部门申请登记一下，情况会更好。